通关一周目后，读取存档即可自动进入二周目，初始位置位于自家门前。大木博士会主动出现，若图鉴已收集60种以上宝可梦，博士会协助升级至全国图鉴模式。这是触发二周目剧情的核心条件，未达标需先完成图鉴收集。升级后前往精灵联盟，会被告知四天王中的冰系天王科拿暂时离岗，无法挑战。
从枯叶市乘船前往1号岛，在岛屿网络中心与NPC对话，得知修复机器需要红宝石。前往灯火山右侧洞穴，击败两名火箭队残党后取得红宝石，将其交还给网络中心NPC。随后获得彩虹通行证，解锁七岛之间的航行权限。需继续寻找对应的蓝宝石，NPC会提供7岛船票并更新地图功能。
在4号岛科拿家右侧的冰洞中，利用碎岩和攀瀑技能深入洞穴，协助科拿击败火箭队成员后得知5号岛存在火箭队仓库。前往5号岛击败守卫后进入仓库，但需密码才能继续。随后在6号岛的遗迹洞穴中按特定顺序（上、左、右、下）坠落获取蓝宝石，但会被NPC夺走并留下仓库密码。返回5号岛仓库击败首领即可夺回蓝宝石。
将蓝宝石交还1号岛网络中心后，设备修复完成，开启与宝石版的通信功能。可前往7号岛的训练师塔挑战高难度对手，或探索山谷中的隐藏洞穴。若未捕获三神鸟，需依次前往无人发电厂、双子岛和岩山隧道深处捕捉闪电鸟、急冻鸟和火焰鸟。最终在华蓝洞窟最深处遭遇70级超梦，完成二周目核心剧情。
二周目流程以探索七岛和收服传说宝可梦为主，需注意关键道具的获取顺序及战斗准备。建议全程使用即时存档功能避免进度丢失，同时合理搭配队伍应对不同属性的敌人。
