玩家可以选择的角色阵容与前两个周目相比有显著扩展。游戏初期依然从妙蛙种子、小火龙和杰尼龟三只初始宝可梦中选择一只，但后续可捕获的宝可梦种类更加丰富。第三周目新增了包括三圣鸟（急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟）在内的传说宝可梦，以及超梦、洛奇亚等强力神兽。这些高种族值的宝可梦能显著提升队伍战斗力，但需要完成特定剧情或解谜才能捕获。
第三周目的队伍构建需要考虑属性平衡与技能搭配。推荐培养的宝可梦包括卡比兽（高HP与物攻）、沙瓦朗（120物攻种族值）、暴鲤龙（水系与飞行系双属性）等。特别通过特殊事件可以获得波克比的蛋，其进化形态波克基斯拥有优秀的特攻与速度。在4号岛的冰洞中可以获取攀瀑技能，这使得原先无法到达的区域成为可能，进而解锁更多宝可梦捕获机会。
游戏中期在5号岛和6号岛的探索中会遭遇火箭队残党，击败他们后可以进入隐藏区域获取稀有道具。6号岛南部的标记森林栖息着多种虫系宝可梦，而7号岛的遗迹则能捕获安侬。8号岛洞穴深处可同时遇到凤凰和洛奇亚，需要合理运用保存技能与状态异常战术才能成功捕获。9号岛的解谜完成后会出现30级左右的迪奥西斯，其高速度与特攻使其成为对战中的关键角色。
后期队伍成型阶段建议保留至少两个不同属性的攻击手，并配备具备恢复能力的辅助宝可梦。幸福蛋凭借超高特防成为优秀的特防盾，而耿鬼的高速与特攻组合能有效压制对手。通过反复挑战灯火山附近的训练师可以快速提升等级，战斗探测器道具允许重复对战同一训练师以获取稳定经验值。最终挑战四天王时，队伍等级建议达到65级以上，并携带足够的恢复道具应对持久战。
第三周目的核心价值在于探索前周目未开放的隐藏内容，通过系统性的宝可梦培养与战术搭配完成全图鉴收集。不同宝可梦的特性与技能组合会产生独特的战斗风格，玩家需要根据当前进度灵活调整队伍构成。部分宝可梦如快龙需要通过多次进化才能获得最终形态，提前规划培养路线可以节省大量时间。游戏中的技能教学者会传授百万吨拳击等实用技能，合理分配这些有限资源对队伍强度提升至关重要。
