疯狂动物园中隐藏动物的总数超过20种，这些特殊动物分散在不同地图场景中，需要通过特定条件触发或完成特殊任务才能捕获。隐藏动物的设计增加了游戏探索深度，玩家需结合地图特性、动物行为规律及操作技巧逐一解锁。部分隐藏动物如暗黑野牛、特洛伊斑马等需连续骑乘或长距离奔跑，而机械秃鹰、恐龙犀牛等则依赖场景交互或特定动物组合。
草原区域的隐藏动物包括暗黑野牛、特洛伊斑马和油炸狮。暗黑野牛需骑乘同一只野牛连续奔跑700米以上，中途不可换乘；特洛伊斑马要求玩家在草原地图连续换乘7种不同动物；油炸狮则需要用同一只狮子吞噬30只其他动物。丛林地图的鸭嘴河马需骑河马行进1600米，且水域覆盖率需达到一定比例，而恐龙犀牛需连续换乘7种丛林动物才能触发。
山脉和极地区域的隐藏动物解锁条件更为复杂。苏-24战斗熊要求骑乘老鹰飞行2000米不换乘，纯黑鹿需连续换乘8种不同动物（7种山脉动物加1种外来动物）。极地的仙女企鹅需换乘8种极地动物，雪兔则需连续骑乘6只北极兔。部分隐藏动物如罗宾汉鹰需利用地形机制，从悬崖边缘起跳才能发现，这类设计考验玩家的操作精准度。
隐藏动物的捕获成功率与栖息地等级、动物技能搭配密切相关。例如蒸汽朋克牦牛需撞击10只动物，若搭配加速类宝宝技能可提升效率；三嘴鸟需巨嘴鸟完成100米高空跳跃换乘，栖息地等级越高越容易实现。部分隐藏动物如雄鸡鳄仅在特定时间段出现，需调整设备时间匹配刷新条件。
隐藏动物的收集不仅是游戏进度的体现，也为动物园经营带来额外收益。每只隐藏动物拥有独特的外观和技能，部分还能解锁特殊成就或装饰道具。由于触发机制多样，建议玩家优先提升基础动物栖息地等级，并分阶段完成区域任务，逐步解锁隐藏动物图鉴。
