副本挑战是玩家提升战力的核心途径之一，而合理运用忍者技能是通关的关键。忍者技能主要分为被动技能、主动技能和忍具技能三类。被动技能通常提升忍者基础属性或增强忍具效果，例如增加攻击力或暴击率；主动技能需消耗能量，分为伤害型与控制型，如影分身、千鸟等；忍具技能则依赖特定装备触发特殊效果，例如通灵兽召唤或范围增益。根据副本敌人特性，优先选择对应克制属性的技能组合，例如面对高防御BOSS时搭配破防类技能。
副本中忍者技能的培养需遵循属性适配原则。攻击型忍者应侧重高爆发主动技能，如宇智波佐助的豪火球之术或漩涡鸣人的螺旋丸，同时搭配提升攻击力的被动技能；防御型忍者适合携带控制类技能如土遁·土流壁，并强化生命值与防御属性；辅助型忍者则优先选择治疗或增益技能，如春野樱的治愈术。需注意忍者定位与团队搭配，例如在精英副本中，若BOSS擅长召唤小怪，可选用范围伤害技能快速清场。
普通副本可依赖自动战斗，但精英副本需手动操作以规避BOSS关键技能。例如当BOSS释放大招前摇时，使用控制技能打断其施法；或在地面出现红圈提示时，及时位移躲避范围伤害。部分技能具有扫地效果，可攻击倒地敌人以延长连击，例如宇智波鼬的天照。通灵兽和秘卷技能可作为补充手段，通灵兽适合在BOSS无替身时起手，秘卷则用于反制或霸体抗伤。
S级忍者技能效果通常优于B/C级，例如须佐能乎佐助的加具土命兼具伤害与持续灼烧效果。但低品质忍者通过技能组合仍可应对部分副本，例如天天通过普攻追加铁球攻击实现远程消耗。建议优先培养技能形态多样的忍者，如可切换单双刃形态的长十郎，其单刃形态爆发强，双刃形态则擅长持续输出。
天赋系统优先点满增加技能伤害的节点；装备强化以攻击属性为主，避免虚战力的暴击属性堆积；忍者升星能解锁高阶技能形态。每日通过扫荡精英副本收集碎片，逐步强化主力忍者的技能等级。若遇到卡关，可参考排行榜玩家的技能搭配方案，或调整秘卷携带类型，例如面对高机动BOSS时替换为雷电击等控制秘卷。
