少年三国志作为一款以三国为背景的策略卡牌手游，其剧情设计在传统历史框架下融入了独特的少年视角和原创情节。游戏主线剧情并非完全遵循三国演义或正史记载，而是通过玩家扮演的少年军师视角，重新演绎了三国群雄逐鹿的乱世篇章。从初始村落保卫战到最终统一天下，剧情发展呈现出明显的成长轨迹，既有历史事件的影子，也加入了符合游戏世界观的虚构内容。
游戏中的特殊剧情主要体现在武将个人列传和隐藏关卡设计上。每位知名武将都拥有专属的列传任务，这些任务往往与其历史事迹或演义故事相关联，例如夏侯惇的列传任务就包含了拔矢啖睛等经典桥段的重新演绎。隐藏关卡则分散在各个章节中，需要特定条件触发，完成后可获得珍稀资源和武将碎片。这些特殊剧情不仅丰富了游戏内容，也为玩家深入了解三国人物提供了渠道。
剧情推进过程中存在多个关键转折点，其中三国鼎立阶段的联盟系统最具策略深度。当游戏进展到中期，玩家需要与其他玩家结盟对抗魏蜀吴三方势力，这个阶段的剧情对话和任务目标会根据联盟选择产生分支变化。游戏后期还设计了重建和平的终章内容，在完成统一后转向内政建设，这种剧情结构在同类手游中较为少见。
特殊剧情的解锁机制具有一定门槛，部分隐藏剧情需要收集特定武将组合或达到战力要求才能触发。游戏中的时空外传等副本也包含独立剧情线，如凤鸣百里等关卡设计了宝箱收集要素，完整探索后才能了解全部故事内容。这些设计增加了剧情的探索性和重复游玩价值。
从叙事手法来看，游戏采用主线与支线并行的结构，主线聚焦势力争霸，支线则侧重人物塑造。部分剧情存在艺术加工，如王允使用连环计等情节在史实基础上进行了戏剧化处理。不同版本游戏对某些历史事件的演绎存在差异，这可能导致剧情理解上的偏差。
