二周目开启后，咱们会发现自己站在家门口，大木博士会跑来询问图鉴收集情况。如果已经抓够60种精灵，他会帮忙升级全国图鉴，这是开启后续剧情的关键。记得先去枯叶市坐船到一之岛，在精灵中心找到阿锦对话，得知需要寻找红宝石。拿到红宝石交给阿锦后，他会再拜托咱们找蓝宝石，同时给彩虹通行证让七岛之间自由通行。
接下来可以去二之岛挑战小美，她的队伍包括炎帝和刺龙王等强力精灵。打完小美后别急着走，记得登上瀑布来到洞穴深处，那里会遇到天王小银和火箭队成员。五之岛拿船票后可以坐船到超梦岛捕捉第二只超梦，这是二周目独有的福利。七之岛的训练师之塔顶端能抓到帕鲁基亚和迪亚鲁卡，但要注意抓完一只会被传送到门口，需要重新打一次才能抓另一只。
在探索过程中，三之岛的树果森林有个隐藏区域需要冲浪加攀瀑才能到达，那里能找到泽尼亚斯。变化洞窟里藏着雪拉比，往上走还能遇见伊维塔尔。七之岛下面的山谷需要先推石头触发机关，往前走是凤王，左上是裂空座，右上是路奇亚。记得随身带够高级球和状态恢复道具，这些神兽都不好对付。
最后提醒几个容易错过的地方：雷公在三之岛港口附近，需要拿到红蓝宝石才能进入。红莲岛的实验室可以复活之前选择的化石精灵，二周目新增的闪光胡地在火箭队基地地下四层。通关后别忘了回精灵联盟看看，四大天王的阵容会有变化，准备好克制不同属性的队伍再挑战。多利用飞行术在各个岛屿间快速移动，能节省大量赶路时间。
